中國證券市場研究中心和中國證券交易系統有限公司先后在北京分別成立了STAQ 系統和NET 系統。不管是STAQ 還是NET，都以交易法人股為主，因此，它們一度也被稱為“法人股流通市場”。鄧小平南巡談話以及“十四大”以后，產權交易市場進入發展的高潮時期。至1997 年1 月份，據不完全統計，當時全國就有100 多個地方場外股票交易市場。這給中國的金融系統安全帶來了極大的隱患。1997 年11 月，中央金融工作會議決定關閉非法股票交易市場。1998 年在整頓金融秩序、防范金融風險的要求下，《國務院辦公廳轉發證監會關于清理整頓場外非法股票交易方案的通知》，將非上市公司股票、股權證交易視為“場外非法股票交易”，予以明令禁止，隨后STAQ、NET 系統也相繼關閉。

2000年是中國產權交易市場出現轉機的一年，許多地方恢復、規范、重建了產權交易所，很多地方政府重新肯定“非上市股份有限公司股權登記托管業務”；實質上具有產權交易性質并更具有創新能力的技術產權交易市場在各地蓬勃興起，這些交易機構全部都是由當地政府部門牽頭發起設立的，如上海、北京、深圳、成都、西安、重慶，很多地方的產權交易所出現了聯合、整合的趨勢。

中國證券業協會為解決原STAQ、NET 系統掛牌公司的股份流通問題，開展了代辦股份轉讓系統，指證券公司以其自有或租用的業務設施，為非上市公司提供的股份轉讓服務業務，代辦股份轉讓系統規模很小，股票來源基本是原NET 和STAQ 系統掛牌的不具備上市條件的公司和從滬深股市退市的公司。

為了解決主板退市問題（包括水仙、粵金曼和中浩等）以及原STAQ、NET系統內存在有法人股歷史遺留問題（首批掛牌交易的公司包括大自然、長白、清遠建北、海國實、京中興和華凱），“代辦股份轉讓系統”正式成立，后被稱為“老三板”。

由于“老三板”掛牌的股票品種少，且多數質量較低，再次轉到主板上市難度也很大，長期被冷落。為了改變我國資本市場柜臺交易落后局面，同時為更多高科技成長型企業提供股份流動的機會，2006年初北京中關村科技園區建立新的股份轉讓系統，因與“老三板”標的明顯不同，被形象稱為“新三板”。新三板與老三板最大的不同是配對成交，現在設置30%幅度，超過此幅度要公開 買賣雙方信息。

目前的“新三板”市場格局是在2009 年7 月《證券公司代辦股份轉讓系統中關村科技園區非上市股份有限公司報價轉讓試點辦法》正式實施后形成的。

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